tu peux enlever ton truc en mousse pour l'instant, ça servait à étouffer un peu les cordes, rendre le son plus court et moins "aigu". Tu pourras t'amuser avec plus tard, mais pour un novice vaut mieux commencer sans à mon avis.
Tes 6 mm au-dessus des frettes c'est toujours beaucoup trop, normalement tu dois pas avoir plus de 3 mm là. Peut-être ça vaut le coup de montrer la basse au luthier pour qu'il puisse déterminer ce qui ne va pas...
Tes cordes sont couvertes de nylon noir, et pour ce genre de cordes c'est normal d'avoir le diamètre plus gros, la couche superficielle de plastoc rajoute un peu d'épaisseur. Il ne doit pas avoir d'impacte sur la possibilité d'accorder la basse.
Si en enlevant la mousse tu arrive toujours pas à l'accorder avec des pontets, alors il faudra trouver d'autres moyens, probablement déplacer le chevalet entier plus vers l'arrière.