L'idée de défretter ta basse n'est pas si bête... beaucoup ici l'on fait et je suis dans le tas.
Recherche sur le forum y'as déjà plusieurs post consacré à ce sujet. Ce que je pourrais y rajouter c'est de vraiment prendre ton temps afin de faire les choses proprement.
Sinon boucher les trous par du placage est une bonne idée, mais comme l'a souligner Jeannot prend du vrai bois, collé à la super glue, ca donne généralement un meilleur rendu que la pate à bois.